Hallo Benedikt,
bei diesem Stück haben sich schon etliche Leute den Kopf zerbrochen. Es gibt verschiedene Möglichkeiten, Pachelbel können wir leider nicht mehr fragen.
Die Probleme fangen mit den Ausgaben an. Bärenreiter kann man gleich wegwerfen. Das ist bestenfalls eine romantische Bearbeitung des Stückes. Aber auch derine Version hat das Problem der Pedalzuweisung, die eben im Original (auf 2 Systemen) nicht eindeutig ist. Die Ausgabe suggeriert jedoch, dass völlig klar ist, was im Pedal zu spielen ist.
Ich sehe auch die Möglichkeit, ganz ohne Pedal zu spielen, bzw. an einigen wenigen Stellen mit angekoppeltem Pedal "auszuhelfen". Warum? Wenn man sich süddeutsche Orgeln zu Pachelbels Zeit ansieht, gibt es oft nur ein kümmerliches Pedal von 1 bis 1,5 Oktaven, angekoppelt oder nur mit Subbass. Einige 16-tel Passagen sind so wie abgedruckt gar nicht spielbar. Dagegen kann man natürlich einwenden, dass Pachelbel auch als mitteldeutscher Komponist gelten könnte und wir nicht wissen, ob er nicht an eine bestimmte Orgel gedacht hat, auf der das auch damals ging.
Eine andere Sache: Viele Orgeln im Süden waren einmanualig, wechseln war nur durch Umregistrieren möglich. Es ist sicher eine Option, das Stück in einer Registrierung zu spielen. Es gibt meines Wissens nach keine einzige historische Quelle, die Umregistrieren bei Chaconnen explizit beschreibt. Das einzige, was wir finden, ist gelentlich ein "organo pleno", z.B. bei Bach, aber auch noch bei Mendelssohn. Man mag sich streiten, ob man das Stück im Pleno durchspielt, mit der F-Dur von Pachelbel mache ich das so. Die f-moll habe ich von sehr seriösen Spielern schon auf einem Prinzipal 8' gehört. Wenn man gut spielt und die Orgel klingt, muss das nicht langweilig sein.
Schöne Grüße
Axel