Vielen Dank, Axel!
Ja, verstehe auch, dass die Gefahr der Parallelbildung immer da ist, wenn die Harmonie mit dem cantus firmus parallel geht, z.B. wenn man am Anfang d-f mit d-moll / F-Dur harmonisiert. Hier bietet sich bestimmt an, das Pedal in Gegenbewegung zu führen.
Bei transponierten Kirchentonarten würde ich dann z.B. bei c-dorisch eben ganz einfach bei der Harmonisierung von B-Dur ausgehen.
Übrigens, um den Bogen zum anderen Faden der Passacaglia zu spannen, diese wurde nur mit 2xb notiert (so ist es auch in der NBA angegeben, Peters hat sie mit 3xb notiert (und dabei einen Fehler in der 3.Variation fabriziert...!)). Also riecht die Passacaglia eigentlich eher nach c-dorisch, weil sie notiert ist wie B-Dur. Ich glaube, im Verlauf hält es sich in etwa die Waage, wo Bach die Harmonisierung der Passacaglia mit As oder mit A macht. Aber das Thema selber hat ja ein As, also ist wohl c-moll sicherlich die korrektere Tonartenbezeichnung.